Die UNO wurde von den Taliban jedoch nie als Vermittlerin anerkannt. Das UN-Büro in Kabul bleibt weiterhin geöffnet.

Auch die humanitäre Arbeit der Vereinten Nationen und anderer Hilfsorganisationen in Afghanistan ist durch anhaltende Meinungsverschiedenheiten zwischen den Taliban und den Hilfswerken der UNO ernsthaft gefährdet. Während sich die Hilfsorganisationen gegen eine Einschränkung ihres Handlungsspielraumes wehren, bemühen sich die Taliban, den Zufluss und die Verwendung ausländischer Gelder unter ihre Kontrolle zu bringen.

In einem Dekret Mullah Mohammed Omars, des geistigen Führers der Taliban, wurde den Hilfswerken kürzlich untersagt, Frauen in ihren Programmen zu beschäftigen. Dies sei nur erlaubt, wenn die Frauen in den eigenen Büros gegen jeglichen Kontakt mit Männern abgeschirmt seien. Diese Auflage ist in der Praxis kaum umzusetzen und für viele Nichtregierungsorganisationen zu teuer.

In einem weiteren Schritt haben die Taliban allen ausländischen Frauen in Afghanistan das Autofahren verboten. In einem Brief an internationale Hilfsorganisationen begründeten sie diese Maßnahme mit ihrer Sorge um die Umwelt und die örtlichen Traditionen.

Ein weiterer Streitpunkt berührt die Erstellung einer neuen Kartei für das Nahrungsmittelprogramm der Vereinten Nationen. Die Ermittlung der tatsächlich Hilfsbedürftigen durch die UN wurde von den Taliban bislang verweigert. Laut Gerard van Dijk, dem Leiter des Lebensmittelprogramms für Afghanistan, sei die bestehende Kartei vor fünf Jahren erstellt worden und repräsentiere nicht mehr die am meisten bedürftigen Personen. Viele Kabuler hätten ihre Lebensmittel-Karte, welche die Inhaber berechtigt, in einer von 157 Bäckereien Brot zum stark vergünstigten Preis zu erwerben, verkauft oder vermietet. Anderen sei sie mit Gewalt abgenommen worden. Die UN reagierten auf die Weigerung der Taliban mit der Drohung, die Lebensmittelausgabe in Kabul ab dem 15. Juni einzuschränken. Von der Maßnahme wären etwa 282.000 Menschen betroffen.

Auch der UN-Koordinator für Afghanistan, Erik de Mul, drohte den Taliban wegen der anhaltenden Hürden für die Arbeit der internationalen Organisationen mit der Beendigung der Hilfe für Afghanistan. Er hatte in Gesprächen mit den Taliban vom 27. bis zum 29. Mai 2001 erfolglos über die Beilegung der Streitpunkte verhandelt.