Trotz des Bauvorhabens bestehen Unstimmigkeiten zwischen Vertretern der muslimischen Gemeinden und der Stadt. Für Ghulam Maula, dem Präsidenten der bengalischen Gemeinde beispielsweise, ist der Standort der zukünftigen Moschee zu weit vom Stadtzentrum entfernt. Er verwies darauf, dass beim fünfmaligen täglichen Gebet die Moschee in erreichbarer Nähe der Wohnorte der Gläubigen liegen müsse. Angaben der BBC zufolge ist der Standort der Moschee in Peania mit öffentlichen Verkehrsmitteln zwei Stunden von den Stadtvierteln mit muslimischer Bevölkerung entfernt. Andere Repräsentanten der Muslime begrüßten die Initiative des Baus dennoch. Sie forderten Abstriche hinzunehmen um möglichst zügig die Moschee errichten lassen zu können.

Die Baukosten in Höhe eines bisher noch nicht bekannten Betrages, trägt der saudiarabische König Fahd, der bereits durch die Finanzierung von 200 islamischen Zentren und 1.500 Moscheen weltweit in erscheinung getreten ist. Die Moschee in Athen soll u.a. über eine Bücherei und ein Informationszentrum verfügen.

Natürlich verfügt die muslimische Gemeinde bereits über eine Reihe von Gebetsplätzen, auch im Stadtzentrum. Doch die in Läden und Privatwohnungen eingerichteten Gebetsplätze sind illegal und bieten nur begrenzt Platz.

Es wird befürchtet, dass eine größere Moschee - auch außerhalb der Stadt - anti-muslimische Stimmung hervorrufen könnte.

Aufgrund der Lage der Moschee, in Nähe des internationalen Flughafens, bestehen Gerüchte, dass das Gebäude als Vorzeigestück der Olympischen Spiele dienen soll. So sieht es zumindest Syed Muhammad Jamil, der Präsident der pakistanischen Kultur Vereinigung. Er befürchtet darüber hinaus, dass Muslime daher die zukünftige Moschee nicht besuchen werden. Muslime sind eine kleine religiöse Minderheit in dem Land, in dem sich 98% der Einwohner der griechisch orthodoxen Kirche zugehörig fühlen.