Der US-Journalist war am 23. Januar auf dem Weg zu einem Interview in Karachi verschleppt worden. Angeblich sammelte er seit längerer Zeit Material über militante islamistische Gruppierungen, insbesondere zum Verbleib ehemaliger al-Quaida- und Taliban-Mitglieder, die nach Pakistan geflüchtet sind, sowie über eine mögliche Verbindung des sogenannten Schuh-Bombers Richard Reid zur al-Quaida-Organisation.

Zur Entführung Pearls bekannte sich eine bis dahin unbekannte Gruppe mit Namen Nationale Bewegung zur Wiederherstellung der pakistanischen Souveränität. Ihre Forderungen schickten sie zusammen mit Fotos von Pearl per E-Mail an verschiedene pakistanische Medien. Grund für die Verschleppung Pearls war nach Angaben der Entführer dessen Verbindungen zur CIA und zum israelischen Geheimdienst Mossad; Daniel Pearl war Jude. Der Erfüllung ihrer Hauptforderung nach verbesserten Haftbedingungen für die Gefangenen des Afghanistan-Krieges der USA auf dem Militärstützpunkt Guantanamo Bay auf Kuba wollten sie dadurch Nachdruck verleihen, dass sie Pearl unter vergleichbaren Bedingungen in dem Versteck festhielten.

Auf die ersten Spuren der Entführer stießen pakistanische Ermittler in Zusammenarbeit mit der CIA über die Rückverfolgung der E-Mails, woraufhin vier Männer verhört wurden. Kurz darauf nahmen die Behörden Sheikh Omar Saaed in Karachi fest. Saeed saß bereits wegen einer fehlgeschlagenen Entführung fünf Jahre in indischen Gefängnissen und war durch die Entführung des indischen Passagierflugzeuges IC-814 von Kathmandu nach Kandahar 1999 freigepresst worden. Ihm werden enge Kontakte zum Chef der Jaish-e-Mohammed (Armee Mohammeds) Maulana Masood Azhar nachgesagt, dessen Organisation für die Anschläge auf das indische Parlament im Dezember 2001 und auf das amerikanische Kulturzentrum in Kolkata zu Beginn diesen Jahres verantwortlich sein soll. Masood kam ebenfalls im Rahmen der Flugzeugentführung frei.

Saeed gab zu, die Entführung geplant und durchgeführt zu haben, wusste angeblich jedoch nichts zum Aufenthaltsort des Journalisten. Später nahm er seine Aussage wieder zurück und beschuldigte die Behörden, das Geständnis erzwungen zu haben.

Trotz Zeugenaussagen, laut derer Saeed am Tage der Entführung mit Pearl gesehen wurde, konnte bisher keine Anklage gegen ihn erhoben werden, da die Leiche von Daniel Pearl noch nicht gefunden wurde.

Die USA haben indessen fünf Millionen Dollar für Informationen, die zur vollständigen Aufklärung der Entführung führen, ausgelobt und sich mit der Bitte um Auslieferung Saeeds an Pakistan gewandt. Saeed, der die britische Staatsbürgerschaft besitzt, befindet sich weiterhin in pakistanischer Untersuchungshaft. Zwischen Pakistan und den USA besteht kein Auslieferungsabkommen. Dennoch ist eine Auslieferung Saeeds an die USA nicht ausgeschlossen. Anfang März wies der High Court der Provinz Sindh eine Petition von Saeeds Frau gegen einen solchen Schritt zurück und erklärte, dass pakistanische Gesetze nicht verletzt werden würden.

Neben Saeed und drei anderen bisher Festgenommenen sollen vier weitere Täter an der Entführung und Ermordung Daniel Pearls beteiligt gewesen sein.

US-Präsident Bush drückte Trauer und Wut im Namen des amerikanischen Volkes über diesen "barbarischen" Akt aus und kündigte eine gnadenlose Verfolgung der Täter an. Weiterhin sagte er, dass der Kampf gegen den Terrorismus jetzt erst recht mit unverminderter Entschlossenheit weitergeführt werden würde. Pakistans Präsident Musharraf sagte seine volle Unterstützung bei der Suche nach den Entführern zu.