Der Verunreinigung des Wassers ist eine der schwerwiegendsten Bedrohungen für die Umwelt. Vielerorts verseuchen wilde Müllhalden und Industrieabfälle das Grund- und Trinkwasser, in den Städten haben nur noch knapp zehn Prozent der Bevölkerung Zugang zu sauberem Wasser. Die fehlenden Möglichkeiten, giftige Abfallprodukte von Fabriken, Krankenhäusern und Raffinerien ordnungsgemäß zu entsorgen, ungenügende Aufklärung und Umweltbewusstsein sorgen für einen hochgefährlichen Kreislauf.

Oberhalb der Städte Herat und Kandahar wurden viele Abfälle in ausgetrocknete Flusssenken geschüttet. Dementsprechend ist zu befürchten, dass bei schweren Regenfällen, die dann wieder wasserführenden Flüsse das vergiftete Material fortspülen und somit die an die Gewässer grenzenden Gebiete verseuchen. Teilweise dürfte der Müll auch wieder auf diesem Weg in die Städte zurückgetragen werden. Die städtischen Kanalisationen sind größtenteils durch die Kriege und fehlende Wartung zerstört, häufig ist das Trinkwasser stark verschmutzt und bakteriell verunreinigt. Cholera, Hautausschläge und andere Erkrankungen sind eine häufige Folge. Zudem geht durch defekte Zuleitungen in vielen Städten etwa die Hälfte des Trinkwassers verloren.

In den ländlichen Gegenden, in denen über 80 Prozent der Bevölkerung wohnen, sinken nach den längeren Dürreperioden der letzten Jahre die Grundwasserspiegel, der Boden erodiert zunehmend. Zahlreiche Bewässerungskanäle sind versandet, partiell wurden sie auch gezielt in den kriegerischen Auseinandersetzungen zerstört. Die landwirtschaftlichen Nutzflächen sind noch immer massenhaft vermint und die zugänglichen Böden durch den Einsatz von Pestiziden verseucht.

In der Umgebung vieler Dörfer und Städte gibt es kaum noch Bäume. Aufgrund des Brennstoffmangels wurden viele der Bäume abgeholzt, um Feuerholz zu gewinnen. Die für die Wirtschaft des Nordens wichtigen Pistazienwälder sind größtenteils dieser Entwicklung zum Opfer gefallen, auch dieses verstärkt die Bodenerosion. Die ehemals dichten Nadelholzwälder, insbesondere in der Provinz Nuristan an der nordöstlichen Grenze zu Pakistan, sind zur Hälfte gerodet worden. Der Export von Zedernholz nach Pakistan ist in den letzten Jahrzehnten zu einer wichtigen Einnahmequelle geworden. Andernorts drangen Flüchtlinge in die Rückzugsgebiete seltener Tier- und Pflanzenlager vor, so geschehen auf den Waldinseln im Amudarja nach den Offensiven der Taliban gegen die Nordallianz. Daneben werden immer mehr wilde Tiere zur Fleischbeschaffung oder wegen ihrer Pelze von Jägern erlegt. Die Bestände von Schneeleoparden, Marco-Polo-Schafen und Braunbären sind erheblich in den vergangenen Jahren dezimiert worden.