Nach Medien-Darstellungen wollten drei mit automatischen AK-47-Sturmgewehren bewaffnete Männer auf zwei Motorrädern zu Beginn des Abendgebetes die Moschee stürmen. Augenzeugen berichteten, die Täter hätten zuvor in einem Teehaus gewartet, bevor sie in eine Schar von Menschen gefeuert hätten, die gerade von einer benachbarten Gaststätte zum Gebet in die Moschee gehen wollten. Nach Polizeiangaben hatten sich zur Tatzeit im Innenhof der Moschee bereits 25 Menschen zusammengefunden.

Nach Angaben von Beobachtern hätte es ohne das couragierte Einschreiten des 22 Jahre alten Muhammad Alis noch weit mehr Opfer gegeben. Er habe die Türen der Moschee verschlossen und den Attentätern damit den Eintritt versperrt. Die Täter seien daraufhin aber in die benachbarte Essstube gegangen und hätten dort weiter geschossen. Der als Held gefeierte Muhammad Ali sei wenig später seinen Verletzungen erlegen.

Hunderte Angehörige von Verletzten und Getöteten versammelten sich vor dem Jinnah Postgraduate Medical Centre, dem Krankenhaus, in das die Opfer gebracht wurden. Männer, die beim Transport von Getroffenen geholfen hatten, standen mit blutgetränkter Kleidung herum. Viele forderten lautstark, man möge ihnen die Leichen aushändigen, damit sie zu Hause betrauert und beerdigt werden könnten. Sämtliche Opfer waren unter 30 Jahren alt - drei der neun Toten waren Teenager, ein Opfer war ein siebenjähriger Junge.

Das Tatmotiv blieb zunächst unklar - auch wenn einige Medien vorschnell die Tat in Zusammenhang mit den sektiererischen Auseinandersetzungen zwischen sunnitischen und schiitischen Hardlinern stellten. Zu dem Anschlag bekannte sich explizit keine Gruppe, doch Hasan Zafar Naqvi, ein Vertreter der Shiiten, äußerte die Vermutung, dass es sich bei der Tat um einen Störungsversuch im Vorfeld des heiligen Monats Muharram gehandelt habe. Laut Naqvi solle vor allem die Regierung "beschämt sein, dass sie die Moschee nicht geschützt habe."

Syed Sardar Ahmed, Innenminister der Provinz Sindh, deutete den Anschlag als gezielten "Versuch die demokratischen Verhältnisse zu destabilisieren". Er vermutete einen Zusammenhang mit dem Mord an Khalid Bin Waleed Anfang des Monats. Ahmed zufolge spielte Waleed als einflussreicher Politiker des Muttahida Qaumi Movement (MQM) eine bedeutende Rolle bei dem Versuch, einen Frieden zwischen den Mitgliedern der unterschiedlichen muslimischen Glaubensrichtungen zu vermitteln. Minister Ahmed deutete ferner an, dass es sich in beiden Fällen um die gleichen Mörder handeln könnte. Des Weiteren erklärte er, dass die Regierung zur Sicherung von Religionsschulen (Madrassas) und anderen religiösen Orten bereits weitreichende Schritte unternommen habe. Auf die Frage, wie er sich dann das Attentat erkläre, wich der Minister mit der Ankündigung genauerer Untersuchungen aus.

Fünf der Opfer wurden über Islamabad nach Gilgit zu ihren Familien in den Northern Areas überführt, wo sie beerdigt wurden. Der Leichnam eines Angestellten der pakistanischen Marine, er war einer von zwei getöteten Sunniten, wurde der Familie bei Rawalpindi übergeben.

Nach der Beerdigung von zwei der Opfer in Karachi, bei der über 2.000 Trauergäste Abschied nahmen, kam es zu gewaltsamen Übergriffen. Dabei wurden Banken, Tankstellen, Geschäfte und Restaurants mit Steinen und anderen Wurfgegenständen beworfen. Die aufgebrachte Menge wurde nach einiger Zeit von Polizei und paramilitärischen Kräften auseinander getrieben. Mindestens sechs Autos wurden stark demoliert - es entstand erheblicher Sachschaden. Die Protestierer forderten eine zügige Aufklärung des Anschlags und verurteilten die Behörden für ihre Reaktion - sie waren erst über eine halbe Stunde nach dem Überfall an der Imambargah-Moschee erschienen.