Auslöser der Unruhen war eine gewaltsame Konfrontation der Polizei mit muslimischen Jugendlichen am 26. Oktober in der Stadt Malegaon. Die Jugendlichen hatten im Anschluss an das Freitagsgebet urdusprachige Flugblätter verteilt, die aus Protest gegen den Afghanistan-Krieg der USA unter dem Titel "Sei Inder, kauf indisch" zum Boykott amerikanischer Waren aufriefen. Nach Augenzeugenberichten kam es zu einer Rangelei, als Beamte der State Reserve Police versuchten, die Muslime am Verteilen der Handzettel zu hindern. Innerhalb kurzer Zeit entwickelte sich ein Menschenauflauf und die Polizisten wurden mit Steinen beworfen. Zur Verstärkung anrückende Kräfte setzen Schlagstöcke ein und schossen schließlich willkürlich in die Menge: neun Menschen – unter ihnen unbeteiligte Schaulustige – starben, etwa 50 Menschen wurden verletzt. Ein wütender Mob zog daraufhin randalierend weiter und begann Häuser und Läden von Hindus anzugreifen.

Gerüchte über die Brandstiftungen und Plünderungen verbreiteten sich in kürzester Zeit in die umliegenden, mehrheitlich von Hindus bewohnten Dörfer, wo daraufhin muslimische Läden und Häuser attackiert wurden. Bis Anfang November hatten sich die Unruhen auf 16 Dörfer in den Distrikten Nasik, Dhule und Jalgaon ausgeweitet. Erst dem Militär gelang es, durch die Durchsetzung einer mehrtägigen Ausgangssperre die Lage zu beruhigen.

Während Malegaon in der Vergangenheit bereits mehrmals Schauplatz kommunalistischer Gewalt gewesen war, waren von den jüngsten Unruhen auch Orte betroffen, in denen die Religionsgemeinschaften bisher friedlich zusammengelebt hatten. Beobachter vermuten, dass die im Dezember in Maharashtra anstehenden Kommunalwahlen hinter dem plötzlichen Ausbruch der Gewalt stehen. So verwies die Polizei darauf, dass die Lage angespannt gewesen sei, seit Nihal Ahmed von der Janata Dal (Secular) am 19. Oktober 15.000 Menschen gegen den Afghanistan-Krieg der USA auf die Straße gebracht hatte, um seine Macht zu demonstrieren. Opfer der Gewalt berichteten aber auch, dass unter den Angreifer viele Fremde gewesen seien und vermuteten die Beteiligung militanter Aktivisten der hindunationalistischen Shiv Sena und der Bajrang Dal.

Schwerwiegende Vorwürfe gab es aber auch gegen die Polizei. Nicht nur, dass ihr Verhalten Stein des Anstoßes war, Bewohner muslimischer Viertel warfen ihr auch Parteilichkeit vor und berichteten, dass Polizisten während der Übergriffe nicht eingeschritten seien. Chhagan Bhujpal, Innenminister von Maharashtra, wies die Anschuldigungen zurück, sagte aber eine Untersuchung der Ereignisse zu. Ministerpräsident Vilasrao Deshmukh vom Congress (I) kündigte schließlich auf der Druck der Parteiführung Kompensationszahlungen für die Opfer an.